Viešojoje įstaigoje Marijampolės pirminės sveikatos priežiūros centre veikia šie, sveikatos priežiūros paslaugas teikiantys, skyriai:
- Šeimos sveikatos priežiūros skyrius
- Odontologijos skyrius
- Psichikos sveikatos centras
- Psichikos sveikatos dienos stacionaras
- Palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius
- Socialinės globos skyrius
- Gudelių ambulatorija
